Presensi merupakan hal yang penting bagi para siswa agar guru dapat memonitor perkembangan belajar siswa. Dimulai pada tahun ajaran 2023/2024 ini, Kepala SMP N 2 Jetis memberlakukan presensi digital bagi siswa. Presensi digital yaitu  seperangkat aturan yang mengatur kehadiran yang dilakukan secara  online. Presensi digital ini bertujuan  menciptakan suatu kondisi agar siswa  berlah disiplin.   Proses pembelajaran dimulai  dari pukul 07.00 sampai dengan  berakhirnya pembelajaran. Hari Senin  dan Kamis diakhiri pukul 15.00, hari  Selasa diakhiri pukul 13.40, hari Rabu  diakhiri pukul 13.20, dan hari Jumat  diakhiri pukul 11.45. Presensi siswa  yang diberlakukan di SMP N 2 Jetis ini  menggunakan sistem fingerprint.  Cara  kerja dari presensi fingerprint ini  menggunakan data sidik jari seap  siswa yang akan dijadikan data untuk  mengidenfikasi serta memverifikasi  kehadiran siswa seap harinya. Sistem ini efekf untuk membuat disiplin.  Ketika  jam  pembelajaran telah berakhir, siswa harus mengantre  terlebih dahulu untuk melakukan presensi pulang. Sistem ini akan  mendeteksi jika ada siswa yang  terlambat. Di pertengahan semester, akan  dilihat rekapan kehadiran siswa.  Apabila ada siswa yang terlambat  mencapai 2 kali masih bisa ditoleransi,  namun  3-5  kali  akan  diberikan  peringatan, dan apabila melebihi 5 kali  orang tua siswa akan dipanggil ke sekolah supaya siswa jera kalau datang  terlambat lagi.